La cofradia es una institución que esta ligada a la historia de Segovia desde sus inicios
Los primeros antecedentes escritos en que aparece la Cofradía de Nuestra Señora de la Fuencisla datan de 1597 en escritos del pleito seguido contra el cura de San Marcos.
Parece ser que se creó alrededor de ese año, cuando empezó a gestarse la idea de construir un nuevo templo, ya que la pequeña ermita resultaba insuficiente.
Consta que en el año 1603 el Papa Clemente VIII concedía una Bula de aprobación de dicha Cofradía, concediéndola numerosas gracias espirituales entre ellas la de incorporarla a la Real Archicofradía de la Gloriosa Resurrección de Nuestro Señor Jesucristo, establecida en Roma, bajo la protección de los reyes de España, siendo Obispo de Segovia don Pedro de Castro, el cual el 22 de marzo de 1605 aprobó las nuevas Constituciones.
El 18 de agosto de 1880 el Obispo de Segovia, Dr. Don Antonio García Fernández, erige canónicamente la Asociación de Devotos de Nuestra Señora de la Fuencisla, cuyos Estatutos y Reglamento aprueba al mismo tiempo y son editados con el Decreto de erección.
El 11 de septiembre de 1924 el Obispo, Dr. Don Manuel de Castro aprueba un nuevo texto de los Estatutos de la Cofradía de Nuestra Señora de la Fuencisla.
El 31 de mayo de 2008 Monseñor Ángel Rubio de Castro aprueba los actuales Estatutos que están en vigor.
El 29 de enero de 2016, el Director General de Cooperación Jurídica Internacional y Relaciones con las Confesiones, don Javier Herrera García-Canturri, la Cofradía de Nuestra Señora de la Fuencisla es inscrita en el Registro de Entidades Religiosas del Ministerio de Justicia